Οι Ερευνητικές Μονάδες είναι ομάδες ερευνητών με κοινό εξειδικευμένο ερευνητικό ενδιαφέρον που ανήκει στο ευρύτερο αντικείμενο του εργαστηρίου. Αποτέλεσμα αυτής της δομής είναι να δημιουργηθούν πολλαπλασιαστικά φαινόμενα, να επιτευχθεί οικονομία κλίμακας, και να γίνει περαιτέρω εμβάθυνση και εξειδίκευση στα ερευνητικά αντικείμενα και πεδία, στα οποία δραστηριοποιείται το Εργαστήριο.
Για την καλύτερη αξιοποίηση του ερευνητικού δυναμικού που εντάσσεται στο Ερευνητικό Εργαστήριο, οι Ερευνητικές Μονάδες στελεχώνονται με ερευνητές με βάση την δραστηριοποίησή τους σε γνωστικά αντικείμενα και ερευνητικά πεδία όπως αυτά περιγράφονται στην ίδρυση αυτού (ΦΕΚ 1067/Β΄/1-4-2019).